回答该企业报废存货的增值税进项税额的处理方式及依据并计算相关金额。
报废存货的增值税进项税额不得抵扣。
理由：因管理不善造成的损失属于非正常损失。非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额，不得从销项税额中抵扣。
报废存货不得抵扣的进项税额＝39×60%＝23.4（万元）。